A melhor época para visitar Bonito depende diretamente do tipo de experiência que o visitante busca, já que o clima da região influencia bastante na visibilidade das águas e no fluxo turístico. Em geral, o ano é dividido em duas estações bem definidas: a seca e a das chuvas, cada uma com suas particularidades.

Durante a estação seca, de maio a setembro, as chuvas diminuem significativamente e as temperaturas se tornam mais amenas. Como resultado, as atividades ao ar livre ficam ainda mais agradáveis, especialmente os passeios de flutuação em rios cristalinos e as trilhas. Isso porque a água tende a ficar mais transparente, com menor turbidez, favorecendo a visibilidade e a contemplação da vida aquática. Por outro lado, esse período coincide com as férias escolares e feriados prolongados, o que leva ao aumento no número de turistas, exigindo reservas com antecedência.

Já na estação das chuvas, entre outubro e abril, o volume de precipitações aumenta, podendo deixar os rios um pouco mais turvos em certos dias. Ainda assim, Bonito continua sendo um excelente destino, principalmente para quem prefere ambientes mais tranquilos e tarifas mais acessíveis. Além disso, as paisagens se tornam mais exuberantes, com vegetação intensamente verde e fauna mais ativa, o que proporciona uma vivência diferente e igualmente encantadora. A desvantagem é a possibilidade de chuva comprometer atividades ao ar livre, embora isso não ocorra de forma contínua.